DiffModeler started
1.20-4459
w2019.12
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa existed
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b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/1st_stage_detection existed
stage 1 prediction has been generated and saved in /net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/1st_stage_detection/Input/chain_predictprob.npy
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/2nd_stage_detection existed
stage 2 prediction has been generated and saved in /net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/2nd_stage_detection/Input/chain_predictprob.npy
Origin: (0., 0., 0.)
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b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
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b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
Our prediction results are saved in /net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/2nd_stage_detection with mrc format for visualization check.
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa existed
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b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/1st_stage_detection existed
stage 1 prediction has been generated and saved in /net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/1st_stage_detection/Input/chain_predictprob.npy
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/2nd_stage_detection existed
stage 2 prediction has been generated and saved in /net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/2nd_stage_detection/Input/chain_predictprob.npy
Origin: (0., 0., 0.)
Previous voxel size: (1., 1., 1.)
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origin : (0., 0., 0.)
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b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
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origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
rms : 0.0042514679953455925
nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 18:33:25 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling created
Origin: [0.0, 0.0, 0.0]
detected mode mapc 1, mapr 2, maps 3
information of /net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/input_segment.mrc
The recording mode in the mrc file:2
XYZ dim:298,298,298
location of first column/row/section in unit cell:0,0,0
sampling along X,Y,Z axis of unit cell:298,298,298
cell dimensions in angstroms:298.000000,298.000000,298.000000
Cell angles in degree:90,90,90
axis mode:(1,2,3)
density statistics:min(-0.060341),max(0.142196),mean(0.000728)
space group number:1
extended data:0
origin state:(0.000000,0.000000,0.000000)
density data shape:
(298, 298, 298)
min density:0.000000
max density:0.142196
number of voxels: 26463592
width of x,y,z:(1.000000,1.000000,1.000000)
order mode:1
useful points: 39528
in total chain useful percentage 0.001494
after normalizing pho dens min 0.0000 max 1.0000
useful points: 44281
in total chain useful percentage 0.001673
dens shape now
(298, 298, 298)
after normalizing sugar dens min 0.0000 max 1.0000
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/pho_LDP created
carry on mean shifting jobs
useful points 39528
set up filters
fmaxd=6.000000
mean shift 0 / 39528
mean shift 1000 / 39528
mean shift 2000 / 39528
mean shift 3000 / 39528
mean shift 4000 / 39528
mean shift 5000 / 39528
mean shift 6000 / 39528
mean shift 7000 / 39528
mean shift 8000 / 39528
mean shift 9000 / 39528
mean shift 10000 / 39528
mean shift 11000 / 39528
mean shift 12000 / 39528
mean shift 13000 / 39528
mean shift 14000 / 39528
mean shift 15000 / 39528
mean shift 16000 / 39528
mean shift 17000 / 39528
mean shift 18000 / 39528
mean shift 19000 / 39528
mean shift 20000 / 39528
mean shift 21000 / 39528
mean shift 22000 / 39528
mean shift 23000 / 39528
mean shift 24000 / 39528
mean shift 25000 / 39528
mean shift 26000 / 39528
mean shift 27000 / 39528
mean shift 28000 / 39528
mean shift 29000 / 39528
mean shift 30000 / 39528
mean shift 31000 / 39528
mean shift 32000 / 39528
mean shift 33000 / 39528
mean shift 34000 / 39528
mean shift 35000 / 39528
mean shift 36000 / 39528
mean shift 37000 / 39528
mean shift 38000 / 39528
mean shift 39000 / 39528
finishing meanshifting with 39528 points
here we get the density range 9.533545
0
10000
20000
30000
merging finishing with 289 left
Origin: (0., 0., 0.)
Previous voxel size: (1., 1., 1.)
nx, ny, nz 298 298 298
nxs,nys,nzs 0 0 0
mx,my,mz 298 298 298
nx : 298
ny : 298
nz : 298
mode : 2
nxstart : 0
nystart : 0
nzstart : 0
mx : 298
my : 298
mz : 298
cella : (298., 298., 298.)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
mapr : 2
maps : 3
dmin : -0.06034070998430252
dmax : 0.1421961933374405
dmean : 0.0007280732388608158
ispg : 1
nsymbt : 0
extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
rms : 0.006045599468052387
nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 18:33:20 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
nx : 298
ny : 298
nz : 298
mode : 2
nxstart : 0
nystart : 0
nzstart : 0
mx : 298
my : 298
mz : 298
cella : (298., 298., 298.)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
mapr : 2
maps : 3
dmin : 0.0
dmax : 1.0099999904632568
dmean : 8.536114364687819e-06
ispg : 1
nsymbt : 0
extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
rms : 0.0026659544091671705
nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 18:34:23 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
in total 6 isolated grid points
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/sugar_LDP created
carry on mean shifting jobs
useful points 44281
set up filters
fmaxd=6.000000
mean shift 0 / 44281
mean shift 1000 / 44281
mean shift 2000 / 44281
mean shift 3000 / 44281
mean shift 4000 / 44281
mean shift 5000 / 44281
mean shift 6000 / 44281
mean shift 7000 / 44281
mean shift 8000 / 44281
mean shift 9000 / 44281
mean shift 10000 / 44281
mean shift 11000 / 44281
mean shift 12000 / 44281
mean shift 13000 / 44281
mean shift 14000 / 44281
mean shift 15000 / 44281
mean shift 16000 / 44281
mean shift 17000 / 44281
mean shift 18000 / 44281
mean shift 19000 / 44281
mean shift 20000 / 44281
mean shift 21000 / 44281
mean shift 22000 / 44281
mean shift 23000 / 44281
mean shift 24000 / 44281
mean shift 25000 / 44281
mean shift 26000 / 44281
mean shift 27000 / 44281
mean shift 28000 / 44281
mean shift 29000 / 44281
mean shift 30000 / 44281
mean shift 31000 / 44281
mean shift 32000 / 44281
mean shift 33000 / 44281
mean shift 34000 / 44281
mean shift 35000 / 44281
mean shift 36000 / 44281
mean shift 37000 / 44281
mean shift 38000 / 44281
mean shift 39000 / 44281
mean shift 40000 / 44281
mean shift 41000 / 44281
mean shift 42000 / 44281
mean shift 43000 / 44281
mean shift 44000 / 44281
finishing meanshifting with 44281 points
here we get the density range 9.795932
0
10000
20000
30000
40000
merging finishing with 371 left
Origin: (0., 0., 0.)
Previous voxel size: (1., 1., 1.)
nx, ny, nz 298 298 298
nxs,nys,nzs 0 0 0
mx,my,mz 298 298 298
nx : 298
ny : 298
nz : 298
mode : 2
nxstart : 0
nystart : 0
nzstart : 0
mx : 298
my : 298
mz : 298
cella : (298., 298., 298.)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
mapr : 2
maps : 3
dmin : -0.06034070998430252
dmax : 0.1421961933374405
dmean : 0.0007280732388608158
ispg : 1
nsymbt : 0
extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
rms : 0.006045599468052387
nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 18:33:20 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
nx : 298
ny : 298
nz : 298
mode : 2
nxstart : 0
nystart : 0
nzstart : 0
mx : 298
my : 298
mz : 298
cella : (298., 298., 298.)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
mapr : 2
maps : 3
dmin : 0.0
dmax : 1.0099999904632568
dmean : 1.2224972124386113e-05
ispg : 1
nsymbt : 0
extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
rms : 0.0033749376889318228
nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 18:34:59 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
in total 16 isolated grid points
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/sugar_graph created
0
10000
20000
30000
40000
number of possible connected edges by differen ori data:583
skip edges with distance 10.862946
skip edges with distance 14.952408
skip edges with distance 12.954306
skip edges with distance 19.943329
skip edges with distance 15.391129
skip edges with distance 15.222776
skip edges with distance 11.518270
skip edges with distance 13.086888
skip edges with distance 10.222809
skip edges with distance 11.670503
skip edges with distance 11.315608
skip edges with distance 20.689670
skip edges with distance 18.114920
skip edges with distance 12.042517
skip edges with distance 10.318498
skip edges with distance 11.183919
skip edges with distance 10.452161
skip edges with distance 14.981300
skip edges with distance 10.845892
skip edges with distance 13.068167
skip edges with distance 10.957416
skip edges with distance 10.201597
skip edges with distance 11.547765
skip edges with distance 12.083613
skip edges with distance 11.246070
skip edges with distance 10.665996
sorting edge for MST preparataion 554
filtered edge numbers 583
573/583 edges are remained after prob map checking
filtered edge numbers 573
Further adding 444 edges based on extending and checking base region
filtered edge numbers 1017
0
1000
edge density min 1.00 max 327.35 mean 19.09
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/sugar_search created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/sugar_search/sub_graph0 created
filtered edge numbers 1017
number of edges in the data: 1977
distance mean 1960.128477
updated distance mean 76866.985056
number vehicles: 5 adj matrix shape: 372
drop penalty 67469
start routing
add capacity
add penalty
add params
Objective: 485818
Route for vehicle 0:
0 -> 110 -> 107 -> 116 -> 112 -> 102 -> 104 -> 105 -> 95 -> 85 -> 90 -> 86 -> 93 -> 91 -> 96 -> 100 -> 109 -> 108 -> 115 -> 129 -> 139 -> 148 -> 159 -> 165 -> 172 -> 177 -> 178 -> 182 -> 188 -> 186 -> 192 -> 191 -> 193 -> 196 -> 207 -> 211 -> 206 -> 213 -> 215 -> 217 -> 223 -> 230 -> 241 -> 249 -> 260 -> 265 -> 263 -> 270 -> 269 -> 273 -> 276 -> 281 -> 280 -> 292 -> 293 -> 295 -> 291 -> 300 -> 296 -> 307 -> 315 -> 329 -> 333 -> 337 -> 340 -> 344 -> 350 -> 346 -> 353 -> 351 -> 359 -> 339 -> 336 -> 338 -> 331 -> 324 -> 327 -> 328 -> 319 -> 323 -> 314 -> 306 -> 320 -> 316 -> 308 -> 301 -> 303 -> 302 -> 297 -> 282 -> 283 -> 271 -> 262 -> 259 -> 256 -> 252 -> 243 -> 248 -> 242 -> 244 -> 236 -> 237 -> 238 -> 232 -> 228 -> 229 -> 226 -> 225 -> 218 -> 208 -> 199 -> 197 -> 190 -> 184 -> 183 -> 179 -> 176 -> 167 -> 161 -> 162 -> 152 -> 153 -> 149 -> 154 -> 144 -> 145 -> 141 -> 140 -> 130 -> 128 -> 127 -> 134 -> 135 -> 126 -> 133 -> 132 -> 131 -> 123 -> 113 -> 103 -> 101 -> 74 -> 64 -> 42 -> 43 -> 61 -> 60 -> 45 -> 58 -> 59 -> 68 -> 54 -> 49 -> 55 -> 0
Distance of the route: 132586m

Route for vehicle 1:
0 -> 3 -> 2 -> 1 -> 4 -> 5 -> 6 -> 7 -> 8 -> 11 -> 12 -> 9 -> 15 -> 17 -> 10 -> 13 -> 14 -> 16 -> 0
Distance of the route: 57490m

Route for vehicle 2:
0 -> 318 -> 325 -> 322 -> 326 -> 332 -> 334 -> 343 -> 342 -> 341 -> 356 -> 355 -> 360 -> 363 -> 369 -> 368 -> 358 -> 365 -> 364 -> 352 -> 354 -> 348 -> 347 -> 345 -> 335 -> 330 -> 321 -> 313 -> 305 -> 294 -> 289 -> 288 -> 285 -> 287 -> 286 -> 284 -> 275 -> 279 -> 274 -> 277 -> 272 -> 267 -> 264 -> 257 -> 253 -> 227 -> 239 -> 224 -> 221 -> 220 -> 216 -> 212 -> 210 -> 209 -> 202 -> 205 -> 200 -> 203 -> 204 -> 198 -> 194 -> 187 -> 181 -> 180 -> 174 -> 164 -> 160 -> 157 -> 151 -> 147 -> 146 -> 143 -> 136 -> 121 -> 118 -> 106 -> 97 -> 94 -> 79 -> 80 -> 81 -> 82 -> 87 -> 88 -> 84 -> 92 -> 89 -> 78 -> 75 -> 77 -> 83 -> 99 -> 98 -> 117 -> 114 -> 122 -> 125 -> 120 -> 111 -> 119 -> 124 -> 138 -> 137 -> 142 -> 150 -> 156 -> 155 -> 163 -> 158 -> 168 -> 166 -> 170 -> 169 -> 171 -> 173 -> 175 -> 185 -> 189 -> 195 -> 201 -> 214 -> 219 -> 222 -> 233 -> 234 -> 235 -> 240 -> 231 -> 245 -> 246 -> 247 -> 250 -> 254 -> 251 -> 255 -> 258 -> 261 -> 266 -> 268 -> 278 -> 298 -> 290 -> 299 -> 309 -> 311 -> 304 -> 312 -> 310 -> 317 -> 0
Distance of the route: 104299m

Route for vehicle 3:
0 -> 371 -> 370 -> 366 -> 349 -> 362 -> 357 -> 361 -> 367 -> 0
Distance of the route: 13687m

Route for vehicle 4:
0 -> 25 -> 19 -> 26 -> 22 -> 27 -> 23 -> 35 -> 29 -> 39 -> 65 -> 76 -> 73 -> 66 -> 67 -> 52 -> 57 -> 31 -> 41 -> 53 -> 48 -> 37 -> 36 -> 21 -> 24 -> 18 -> 20 -> 30 -> 40 -> 47 -> 72 -> 71 -> 70 -> 63 -> 69 -> 56 -> 62 -> 51 -> 50 -> 28 -> 34 -> 33 -> 32 -> 38 -> 44 -> 46 -> 0
Distance of the route: 177756m

Maximum of the route distances: 177756m
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/sugar_search/sub_graph0/Prune created
Extract search dict 153, GT search dict 371
search length 153, return search result length 153
filtered edge numbers 404
153 node path find 1 sub path
Extract search dict 17, GT search dict 371
search length 17, return search result length 17
filtered edge numbers 86
17 node path find 1 sub path
Extract search dict 148, GT search dict 371
search length 148, return search result length 148
filtered edge numbers 401
148 node path find 1 sub path
Extract search dict 8, GT search dict 371
search length 8, return search result length 8
filtered edge numbers 12
8 node path find 1 sub path
Extract search dict 45, GT search dict 371
search length 45, return search result length 45
filtered edge numbers 103
45 node path find 2 sub path
in total we collected 5 path candidates
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/base_LDP created
useful points: 8769
in total chain useful percentage 0.000331
after normalizing pho dens min 0.0000 max 1.0000
carry on mean shifting jobs
useful points 8769
set up filters
fmaxd=6.000000
mean shift 0 / 8769
mean shift 1000 / 8769
mean shift 2000 / 8769
mean shift 3000 / 8769
mean shift 4000 / 8769
mean shift 5000 / 8769
mean shift 6000 / 8769
mean shift 7000 / 8769
mean shift 8000 / 8769
finishing meanshifting with 8769 points
here we get the density range 10.151669
0
merging finishing with 81 left
Origin: (0., 0., 0.)
Previous voxel size: (1., 1., 1.)
nx, ny, nz 298 298 298
nxs,nys,nzs 0 0 0
mx,my,mz 298 298 298
nx : 298
ny : 298
nz : 298
mode : 2
nxstart : 0
nystart : 0
nzstart : 0
mx : 298
my : 298
mz : 298
cella : (298., 298., 298.)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
mapr : 2
maps : 3
dmin : -0.06034070998430252
dmax : 0.1421961933374405
dmean : 0.0007280732388608158
ispg : 1
nsymbt : 0
extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
rms : 0.006045599468052387
nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 18:33:20 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
nx : 298
ny : 298
nz : 298
mode : 2
nxstart : 0
nystart : 0
nzstart : 0
mx : 298
my : 298
mz : 298
cella : (298., 298., 298.)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
mapr : 2
maps : 3
dmin : 0.0
dmax : 1.0099999904632568
dmean : 2.9514037578337593e-06
ispg : 1
nsymbt : 0
extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
rms : 0.001689515309408307
nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 19:35:26 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
in total 7 isolated grid points
useful points: 8632
in total chain useful percentage 0.000326
after normalizing pho dens min 0.0000 max 1.0000
carry on mean shifting jobs
useful points 8632
set up filters
fmaxd=6.000000
mean shift 0 / 8632
mean shift 1000 / 8632
mean shift 2000 / 8632
mean shift 3000 / 8632
mean shift 4000 / 8632
mean shift 5000 / 8632
mean shift 6000 / 8632
mean shift 7000 / 8632
mean shift 8000 / 8632
finishing meanshifting with 8632 points
here we get the density range 4.457413
0
merging finishing with 100 left
Origin: (0., 0., 0.)
Previous voxel size: (1., 1., 1.)
nx, ny, nz 298 298 298
nxs,nys,nzs 0 0 0
mx,my,mz 298 298 298
nx : 298
ny : 298
nz : 298
mode : 2
nxstart : 0
nystart : 0
nzstart : 0
mx : 298
my : 298
mz : 298
cella : (298., 298., 298.)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
mapr : 2
maps : 3
dmin : -0.06034070998430252
dmax : 0.1421961933374405
dmean : 0.0007280732388608158
ispg : 1
nsymbt : 0
extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
rms : 0.006045599468052387
nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 18:33:20 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
nx : 298
ny : 298
nz : 298
mode : 2
nxstart : 0
nystart : 0
nzstart : 0
mx : 298
my : 298
mz : 298
cella : (298., 298., 298.)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
mapr : 2
maps : 3
dmin : 0.0
dmax : 1.0099999904632568
dmean : 3.4875924939115066e-06
ispg : 1
nsymbt : 0
extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
rms : 0.0018003443256020546
nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 19:35:43 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
in total 1 isolated grid points
useful points: 6490
in total chain useful percentage 0.000245
after normalizing pho dens min 0.0000 max 1.0000
carry on mean shifting jobs
useful points 6490
set up filters
fmaxd=6.000000
mean shift 0 / 6490
mean shift 1000 / 6490
mean shift 2000 / 6490
mean shift 3000 / 6490
mean shift 4000 / 6490
mean shift 5000 / 6490
mean shift 6000 / 6490
finishing meanshifting with 6490 points
here we get the density range 10.073738
0
merging finishing with 57 left
Origin: (0., 0., 0.)
Previous voxel size: (1., 1., 1.)
nx, ny, nz 298 298 298
nxs,nys,nzs 0 0 0
mx,my,mz 298 298 298
nx : 298
ny : 298
nz : 298
mode : 2
nxstart : 0
nystart : 0
nzstart : 0
mx : 298
my : 298
mz : 298
cella : (298., 298., 298.)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
mapr : 2
maps : 3
dmin : -0.06034070998430252
dmax : 0.1421961933374405
dmean : 0.0007280732388608158
ispg : 1
nsymbt : 0
extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
rms : 0.006045599468052387
nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 18:33:20 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
nx : 298
ny : 298
nz : 298
mode : 2
nxstart : 0
nystart : 0
nzstart : 0
mx : 298
my : 298
mz : 298
cella : (298., 298., 298.)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
mapr : 2
maps : 3
dmin : 0.0
dmax : 1.0099999904632568
dmean : 1.7692838127914001e-06
ispg : 1
nsymbt : 0
extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
rms : 0.0012836616951972246
nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 19:35:59 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
in total 7 isolated grid points
useful points: 11709
in total chain useful percentage 0.000442
after normalizing pho dens min 0.0000 max 1.0000
carry on mean shifting jobs
useful points 11709
set up filters
fmaxd=6.000000
mean shift 0 / 11709
mean shift 1000 / 11709
mean shift 2000 / 11709
mean shift 3000 / 11709
mean shift 4000 / 11709
mean shift 5000 / 11709
mean shift 6000 / 11709
mean shift 7000 / 11709
mean shift 8000 / 11709
mean shift 9000 / 11709
mean shift 10000 / 11709
mean shift 11000 / 11709
finishing meanshifting with 11709 points
here we get the density range 9.811964
0
10000
merging finishing with 115 left
Origin: (0., 0., 0.)
Previous voxel size: (1., 1., 1.)
nx, ny, nz 298 298 298
nxs,nys,nzs 0 0 0
mx,my,mz 298 298 298
nx : 298
ny : 298
nz : 298
mode : 2
nxstart : 0
nystart : 0
nzstart : 0
mx : 298
my : 298
mz : 298
cella : (298., 298., 298.)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
mapr : 2
maps : 3
dmin : -0.06034070998430252
dmax : 0.1421961933374405
dmean : 0.0007280732388608158
ispg : 1
nsymbt : 0
extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
rms : 0.006045599468052387
nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 18:33:20 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
nx : 298
ny : 298
nz : 298
mode : 2
nxstart : 0
nystart : 0
nzstart : 0
mx : 298
my : 298
mz : 298
cella : (298., 298., 298.)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
mapr : 2
maps : 3
dmin : 0.0
dmax : 1.0099999904632568
dmean : 3.966559688706184e-06
ispg : 1
nsymbt : 0
extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
rms : 0.0019388123182579875
nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 19:36:21 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
in total 30 isolated grid points
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/base_LDP existed
useful points: 34474
in total chain useful percentage 0.001303
after normalizing pho dens min 0.0000 max 1.0000
carry on mean shifting jobs
useful points 34474
set up filters
fmaxd=6.000000
mean shift 0 / 34474
mean shift 1000 / 34474
mean shift 2000 / 34474
mean shift 3000 / 34474
mean shift 4000 / 34474
mean shift 5000 / 34474
mean shift 6000 / 34474
mean shift 7000 / 34474
mean shift 8000 / 34474
mean shift 9000 / 34474
mean shift 10000 / 34474
mean shift 11000 / 34474
mean shift 12000 / 34474
mean shift 13000 / 34474
mean shift 14000 / 34474
mean shift 15000 / 34474
mean shift 16000 / 34474
mean shift 17000 / 34474
mean shift 18000 / 34474
mean shift 19000 / 34474
mean shift 20000 / 34474
mean shift 21000 / 34474
mean shift 22000 / 34474
mean shift 23000 / 34474
mean shift 24000 / 34474
mean shift 25000 / 34474
mean shift 26000 / 34474
mean shift 27000 / 34474
mean shift 28000 / 34474
mean shift 29000 / 34474
mean shift 30000 / 34474
mean shift 31000 / 34474
mean shift 32000 / 34474
mean shift 33000 / 34474
mean shift 34000 / 34474
finishing meanshifting with 34474 points
here we get the density range 9.615591
0
10000
20000
30000
merging finishing with 366 left
Origin: (0., 0., 0.)
Previous voxel size: (1., 1., 1.)
nx, ny, nz 298 298 298
nxs,nys,nzs 0 0 0
mx,my,mz 298 298 298
nx : 298
ny : 298
nz : 298
mode : 2
nxstart : 0
nystart : 0
nzstart : 0
mx : 298
my : 298
mz : 298
cella : (298., 298., 298.)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
mapr : 2
maps : 3
dmin : -0.06034070998430252
dmax : 0.1421961933374405
dmean : 0.0007280732388608158
ispg : 1
nsymbt : 0
extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
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nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 18:33:20 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
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exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
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nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 19:36:59 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
in total 8 isolated grid points
we have 2/371 base assignment outside safe range: 0.005
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/base_assignsugar_combine created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq created
we have 1/233 base assignment outside safe range: 0.004
we have 1/233 base assignment outside safe range: 0.004
only apply geometry constraints for dynamic programming
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match/path_0 created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match/path_0/path_order created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match/path_0/path_reverse_order created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match/path_1 created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match/path_1/path_order created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match/path_1/path_reverse_order created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match/path_2 created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match/path_2/path_order created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match/path_2/path_reverse_order created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match/path_3 created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match/path_3/path_order created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match/path_3/path_reverse_order created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match/path_4 created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match/path_4/path_order created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/DP_geo_match/path_4/path_reverse_order created
geometrical based dp finished selecting ldp for atomic modeling
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/AssembleFactory_geo created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/AssembleFactory_geo/atomic_geo created
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/graph_atomic_modeling/Output_Structure_noseq/AssembleFactory_geo/atomic_geo/Path_Atomic_Frags created
duplicate use of 2/87 pho positions in atomic
revise 14/87 pho positions in atomic
{40, 42, 43, 14, 79, 80, 49, 81, 82, 83, 86, 87, 88, 27}
previous loc [188.91254080750778, 130.89416946264004, 86.39054348484486] updated loc: [188.91254080750778, 130.89416946264004, 86.39054348484486]
duplicate use of 0/87 pho positions in atomic
round 2 we still put 0 points into clear set
clearning changed 161 to 161 frag info
use pho situation 1
Reflection detected
use pho situation 1
use pho situation 1
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use pho situation 1
use pho situation 1
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Reflection detected
we have 83/87 atomic build upon pho atoms
previous loc [163.05236941981775, 173.12834827946133, 64.4991850271823] updated loc: [161.70973801650163, 167.72645128422326, 61.71553345381975]
duplicate use of 0/11 pho positions in atomic
round 2 we still put 0 points into clear set
clearning changed 12 to 12 frag info
Reflection detected
Reflection detected
Reflection detected
Reflection detected
use pho situation 6
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use pho situation 2
Reflection detected
use pho situation 7
Reflection detected
Reflection detected
we have 3/11 atomic build upon pho atoms
duplicate use of 0/82 pho positions in atomic
revise 9/82 pho positions in atomic
{7, 9, 10, 44, 14, 19, 51, 52, 60}
previous loc [128.8385135825189, 123.97897311721448, 104.16664366918643] updated loc: [130.0232024034663, 125.06328625283416, 105.9252311044153]
previous loc [132.1894364404251, 151.92981877727027, 92.48141753793978] updated loc: [128.6440654836335, 151.50231645307386, 93.94244057882489]
duplicate use of 0/82 pho positions in atomic
round 2 we still put 0 points into clear set
clearning changed 157 to 157 frag info
use pho situation 1
Reflection detected
use pho situation 1
use pho situation 1
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use pho situation 1
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use pho situation 3
we have 82/82 atomic build upon pho atoms
duplicate use of 0/5 pho positions in atomic
revise 4/5 pho positions in atomic
{3, 4, 5, 6}
Reflection detected
Reflection detected
we have 0/5 atomic build upon pho atoms
duplicate use of 0/26 pho positions in atomic
revise 9/26 pho positions in atomic
{3, 7, 10, 11, 12, 13, 14, 19, 24}
duplicate use of 0/26 pho positions in atomic
round 2 we still put 0 points into clear set
clearning changed 43 to 43 frag info
use pho situation 2
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use pho situation 1
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use pho situation 3
Reflection detected
we have 23/26 atomic build upon pho atoms
!!!parsing fasta input failed, we can not output structures considering sequence assignment!!!
please check final output atomic structure in /net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/CryoREAD_norefine.pdb
/net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/ existed
nx : 299
ny : 299
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cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
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exttyp : b''
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label : [b'::::EMDATABANK.org::::EMD-20031::::' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b''
b'']
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label : [b'Created by mrcfile.py 2023-11-08 18:32:26 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
read chain info from fasta: defaultdict(<class 'list'>, {'A,C': ['M', 'A', 'A', 'S', 'L', 'P', 'S', 'T', 'L', 'S', 'F', 'S', 'S', 'A', 'P', 'D', 'E', 'I', 'Q', 'H', 'P', 'Q', 'I', 'K', 'F', 'S', 'E', 'W', 'K', 'F', 'K', 'L', 'F', 'R', 'V', 'R', 'S', 'F', 'E', 'K', 'A', 'P', 'E', 'E', 'A', 'Q', 'K', 'E', 'K', 'D', 'S', 'S', 'E', 'G', 'K', 'P', 'Y', 'L', 'E', 'Q', 'S', 'P', 'V', 'V', 'P', 'E', 'K', 'P', 'G', 'G', 'Q', 'N', 'S', 'I', 'L', 'T', 'Q', 'R', 'A', 'L', 'K', 'L', 'H', 'P', 'K', 'F', 'S', 'K', 'K', 'F', 'H', 'A', 'D', 'G', 'K', 'S', 'S', 'D', 'K', 'A', 'V', 'H', 'Q', 'A', 'R', 'L', 'R', 'H', 'F', 'C', 'R', 'I', 'C', 'G', 'N', 'R', 'F', 'K', 'S', 'D', 'G', 'H', 'S', 'R', 'R', 'Y', 'P', 'V', 'H', 'G', 'P', 'V', 'D', 'A', 'K', 'T', 'Q', 'S', 'L', 'F', 'R', 'K', 'K', 'E', 'K', 'R', 'V', 'T', 'S', 'W', 'P', 'D', 'L', 'I', 'A', 'R', 'I', 'F', 'R', 'I', 'D', 'V', 'K', 'A', 'D', 'V', 'D', 'S', 'I', 'H', 'P', 'T', 'E', 'F', 'C', 'H', 'D', 'C', 'W', 'S', 'I', 'M', 'H', 'R', 'K', 'F', 'S', 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Final output kept in /net/kihara/scratch/webdklab/em-server/6a96524ef369a31a81cc5d09fd0d08fa/ComplexModeler.cif, Enjoy!
INFO : ComplexModeler Prediction Done