vesper

Job ID : 3597f5d695ba7b2215db328bdfedb81c

VESPER is a map-map fitting Tool for Accurate Superimposition of EM Maps Using Mean Shift Algorithm and FFT. Here purple indicates the reference map and green indicates the transformed map.

Input file:
     EM map 1 (mrc format file, reference map).
     EM map 2 (mrc format file, to be superimposed onto map 1).
Parameter:
     Contour Level 1 for the reference map.   Please make sure your contour level is lower than your focused region. This is the absolute density threshold, not the standard deviation.
     Contour Level 2 for the map to be superimposed onto map 1.   Please make sure your contour level is lower than your focused region. This is the absolute density threshold, not the standard deviation.
     Angle Spacing (in degrees).   The angle spacing for the rotation search. The default value is 10.0 degree.
     Grid Spacing (voxel size in Angstroms).   The grid spacing for the rotation search. The default value is 2.0 Angstrom.

Result Visualization Panel:
Purple is the map 1 (reference map) and green is the transformed map 2 superimposed onto map 1.
After the map is loaded, the default contour level is your input contour level.
If you want to adjust, please click "..." button in the right of "isosurface", then click "..." button in the "Type: Isosurface", you can change the iso surface value and opacity by scroll the bar to adjust it.


Output Logs Panel:
The "Output Logs" panel include all the outputs from the scripts. If you are interested in the progress of the job during running, you can take a look at it.

Job Configuration Panel:
The "Job Configuration" panel includes the input parameters for this job, which is used to keep the records of your submitted input.

Problem Debugging:
If you encounter any problems, feel free to email us to report the problems. In your email, please use subject as "Emap2sec+ problem: [jobid]", here [jobid] is the job is shown in the title. We will use the jobid to locate and debug jobs in the backend and get back to you as soon as possible.

Contact:
dkihara@purdue.edu, zhu773@purdue.edu, gterashi@purdue.edu.

VESPER is a map-map fitting Tool for Accurate Superimposition of EM Maps Using Mean Shift Algorithm and FFT. Here purple indicates the reference map and green indicates the transformed map. If encounter problems, please contact Daisuke Kihara (dkihara@purdue.edu), Genki Terashi(gterashi@purdue.edu).


emd_8409.map
INFO : Running VESPER
nx : 256
ny : 256
nz : 256
mode : 2
nxstart : 0
nystart : 0
nzstart : 0
mx : 256
my : 256
mz : 256
cella : (371.2, 371.2, 371.2)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
mapr : 2
maps : 3
dmin : -0.05936470627784729
dmax : 0.16670267283916473
dmean : 0.0008509900071658194
ispg : 1
nsymbt : 0
extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 0
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
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rms : 0.010817942209541798
nlabl : 1
label : [b'::::EMDATABANK.org::::EMD-8724:::: '
b' '
b' '
b' '
b' '
b' '
b' '
b' '
b' '
b' ']
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nz : 256
mode : 2
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cella : (371.2, 371.2, 371.2)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
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dmin : -0.05936470627784729
dmax : 0.16670267283916473
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extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
rms : 0.010817939415574074
nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-08-04 13:39:57 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
input1.mrc is a valid MRC2014 file...
File appears to be valid.
input1.mrc
nx : 200
ny : 200
nz : 200
mode : 2
nxstart : 0
nystart : 0
nzstart : 0
mx : 200
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cella : (310.8, 310.8, 310.8)
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mapc : 1
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dmin : -0.1572473794221878
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extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
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extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
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nlabl : 1
label : [b'::::EMDATABANK.org::::EMD-8409:::: '
b' '
b' '
b' '
b' '
b' '
b' '
b' '
b' '
b' ']
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ny : 200
nz : 200
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mz : 200
cella : (310.8, 310.8, 310.8)
cellb : (90., 90., 90.)
mapc : 1
mapr : 2
maps : 3
dmin : -0.1572473794221878
dmax : 0.2701217234134674
dmean : -0.0014383996604010463
ispg : 1
nsymbt : 0
extra1 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
exttyp : b''
nversion : 20141
extra2 : b'\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
origin : (0., 0., 0.)
map : b'MAP '
machst : [68 68 0 0]
rms : 0.010948884300887585
nlabl : 1
label : [b'Created by mrcfile.py 2023-08-04 13:40:00 '
b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'' b'']
input2.mrc is a valid MRC2014 file...
File appears to be valid.
input2.mrc
VESPER DONE
INFO : Done





















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